Am Beginn des Weges der HSF steht die Gründerin Maria Theresia Zechnerin aus Hallein. 1723 begann sie, der Not der Zeit entsprechend, Mädchen aus armen Verhältnissen in der Salinenstadt Hallein eine Ausbildung zu ermöglichen. Der Auftrag der Gründungszeit bestand hauptsächlich darin, Kinder und Jugendliche durch Begleitung, Erziehung und Bildung zu fördern. Ab 1875 übernahmen die Schwestern die Pflege von Kranken und alten Menschen in verschiedenen Gemeinden. Ab 1948 war der Sitz des Mutterhauses in Salzburg, Stadtteil Morzg, in der Emsburg. Seit 2012 haben die Schwestern ihren Ordenssitz im Ortsteil Kahlsperg in Oberalm zwischen Salzburg und Hallein.
Der Ordensgemeinschaft der Halleiner Schwestern Franziskanerinnen gehören derzeit knapp 100 Schwestern in den Provinzen Österreich, Bolivien (seit 1943) und Argentinien (seit 1950) an.